JEM-F200は冷陰極電界放出形電子銃（Cold FE-Gun）を搭載した透過電子顕微鏡（TEM）です。加速電圧は80 kVまたは200 kVから選択可能で、無機物に限らず、電子線に弱い有機物や高分子などのソフトマテリアルも観察可能です。さらに、電子線照射量を精密にコントロールするEDM（Electron Dose Modulator）を搭載しており、試料へのダメージを最小限に抑えることができます。

本TEMには最高クラスの高精細CMOSカメラを搭載しており、精細な画像を取得できます。また、エネルギー分散型X線分析装置（EDS）には100 mm²のシリコンドリフト型検出器を2基搭載しており、早いカウント速度（CPS値）を実現するとともに、短時間での測定が可能です。さらに、電子線トモグラフィーを用いた三次元構造の再構築や、結晶方位マップや相マップの取得が可能です。加えて、統合分析システムFEMTUS™により、EDSを用いたマッピング分析、ポイント分析、およびライン分析を同時に行うことができます。